Bakterie fotosyntetyzujące są niezależnymi mikroorganizmami samożywnymi. Tworzą pożyteczne substancje z wydzielin korzeni, materiału organicznego i/lub szkodliwych gazów (siarkowodoru), używając światła słonecznego i ciepła gleby jako źródeł energii.
Produkowane przez nie substancje zawierają aminokwasy, kwasy nukleinowe i bioaktywne substancje. Syntetyzują glukozę, która np. wspiera wzrost roślin, ale także wzmacnia działanie promieniowców. Bakterie fotosyntetyzujące wspierają aktywność innych mikroorganizmów. Z drugiej strony wykorzystują substancje produkowane przez inne mikroorganizmy.
Promieniowce, których budowa każe umieszczać je pomiędzy bakteriami i grzybami, produkują substancje z aminokwasów, wydzielanych przez bakterie fotosyntetyzujące i z materii organicznej.
Te substancje o działaniu antybiotycznym hamują wzrost szkodliwych grzybów i bakterii. Przyspieszają wiązanie azotu przez azotobakter (bakterie azotowe). Znajdują się w brodawkach korzeniowych roślin magazynujących azot (motylkowe), takich jak koniczyna czy groch.
Bakterie kwasu mlekowego produkują kwas mlekowy z cukru i z innych węglowodanów, które z kolei są wytwarzane przez bakterie fotosyntetyzujące i drożdże. Żywność i napoje, takie jak jogurt, kiszone warzywa, od dawna są produkowane przy pomocy bakterii kwasu mlekowego. Kwas mlekowy działa jak silny sterylizator. Nie dopuszcza do rozwoju szkodliwych mikroorganizmów i wspiera szybszy rozkład materiału organicznego.
Drożdże syntetyzują antybiotyczne i pożyteczne substancje z aminokwasów i cukrów, które wydzielają m. in. bakterie fotosyntetyzujące. Produkują hormony i enzymy, które np. aktywizują podział komórek. Ich wydzieliny są pożytecznymi substratami dla aktywnych mikroorganizmów, takich jak bakterie kwasu mlekowego i promieniowce.
Grzyby fermentujące takie, jak Aspergillus i Penicillium, powodują szybszy rozkład materiału organicznego, przy czym powstaje alkohol, estry i substancje antymikrobiologiczne. Zapobiegają powstawaniu brzydkiego zapachu i występowania owadów i robactwa.